วันที่ 30 สิงหาคม 2557 มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ในรัฐบาลของพลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา[15] วันที่ 14 ตุลาคม มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ พระราชทานยศกองอาสารักษาดินแดนเป็นกรณีพิเศษ[16] ทั้งนี้ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยมีฐานะเป็นผู้บัญชาการกองอาสารักษาดินแดนโดยตำแหน่ง เขายังเป็น คณะที่ปรึกษาคณะรักษาความสงบแห่งชาติ และประธานกรรมการและผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการความปลอดภัยทางถนน

ในวันที่ 14 ตุลาคม 2557 เขาออกคำสั่งกระทรวงมหาดไทยที่ 591/2557 แต่งตั้งคณะทำงานรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ประกอบด้วย นายเริงศักดิ์ มหาวินิจฉัยมนตรี พันเอก เปรมจิรัสย์ ธนไทยภักดี และในวันที่ 20 ตุลาคม 2557 เขาออกคำสั่งกระทรวงมหาดไทยที่ 604/2557 แต่งตั้งคณะทำงานรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ประกอบด้วย นายสายสุรีย์ บุนนาค[17]

ในวันที่ 28 ตุลาคม 2557 เขาออกคำสั่งกระทรวงมหาดไทยที่ 633/2557 แต่งตั้งคณะทำงานรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย (นายสุธี มากบุญ) ประกอบด้วย นายอมร เลาหมนตรี นายวิชา นิลเพชร์พลอย นายธวัชชัย ฟักอังกูร ศาสตราจารย์ ดร. ชาติชาย ณ เชียงใหม่ นายวสันต์ วรรณวโรทร[17]

ในวันที่ 15 มกราคม 2558 เขาออกคำสั่งกระทรวงมหาดไทยที่ 32/2558 แต่งตั้งคณะทำงานรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ประกอบด้วย พลเอกไตรรัตน์ รังคะรัตนะ นายกองเอกประชา เตรัตน์ นายวิทยา ฉายสุวรรณ นายยงยุทธ โกเมศ พันตำรวจเอก หม่อมหลวง สันธิกร วรวรรณ พันตำรวจเอก วุฒิพงษ์ นาวิน[17]

ในวันที่ 3 มีนาคม 2558 เขาออกคำสั่งกระทรวงมหาดไทยที่ 163/2558 แต่งตั้งคณะทำงานรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ประกอบด้วย นายกองเอก ธวัชชัย เทอดเผ่าไทย[17]

ในวันที่ 29 เมษายน 2559 พลเอก อนุพงษ์ เผ่าจินดา ในฐานะผู้บัญชาการกองอาสารักษาดินแดน ลงนามในคำสั่งกองบัญชาการกองรักษาดินแดนที่ 57/2559 เรื่องจัดตั้งส่วนราชการในกองบัญชาการกองรักษาดินแดน จัดตั้ง กองร้อยปฏิบัติการพิเศษที่ 2 ในวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2559[18] โดยเปลี่ยนชื่อจาก กองร้อยบังคับการและบริการส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคใต้เพื่อควบคุมความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทยโดยมี นายกองตรี ปารเมศ เห้งสวัสดิ์ เป็น ผู้บังคับกองร้อยปฏิบัติการพิเศษที่ 2 คนแรก

ในวันที่ 12 ธันวาคม 2559 เขาเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยคนแรกที่ได้เป็น ประธานกรรมการในคณะกรรมการส่งเสริมกิจการฮัจย์แห่งประเทศไทย[4] ตามกฎหมายพรบ.ส่งเสริมกิจการฮัจย์ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2559